今回の舞台は東京・八丈島近海。世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設『パシフィック・ブイ』の本格稼働に向けて、世界各国のエンジニアが集結。そこでは顔認証システムを応用した、とある『新技術』のテストが進められていた。一方、園子の招待で少年探偵団と共に八丈島を訪れたコナンもとへ沖矢昴(赤井秀一)から、ユーロポールの職員がドイツで黒ずくめの組織・ジンに殺害された、という一本の電話が。不穏に思ったコナンは施設内に潜入すると、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生……。さらに彼女が持っていた、ある情報を記す USB が組織の手に渡ってしまい……。