尊敬語でもなく謙譲語でもなく、丁寧語でじゅうぶんだと思う。

そもそも上司がそういうことを知らないと思うから、使っても問題ない気がする

普通に「判りました」で何ら問題ないかと？

アホちゃうw　｢わかったw｣｢わかりました｣｢まかしとき！w｣｢引き受けます｣　｢もっかい言うてw｣｢わかりません｣｢それは引き受けられません｣｢他所にふってw｣　要するに簡単に伝わればそれでええw 　わざわざ

「了解しました」ならまだいいよ。部下から「りょ！(''◇'')ゞ」って返事が返ってきたこともある(;´∀｀)

個人的には「了解しました」でも良い…というより仕事で無線を使うので「了解」と言ってくれないと次の人が喋れない（笑）