コラボ商品は、「ヤシマ作戦」の輸送列車を再現した「プラレール『ヱヴァンゲリヲン新劇場版 : 序』ネルフ専用鉄道下二小山支線『ヤシマ作戦』DD51形&シキ880形(B2梁)大物車」と、「ヤシマ作戦」の戦闘データをもとに開発した「シンカリオンCW シンカリオン 500 TYPE EVA ポジトロンフォーム」を用意し、12月6日に発売。全国の玩具専門店・量販店・百貨店の玩具売場、オンラインショップ「タカラトミーモール」などで取り扱う。
もうひとつのコラボ商品「シンカリオンCW シンカリオン 500 TYPE EVA ポジトロンフォーム」(価格8,800円)は、アニメ『新幹線変形ロボ シンカリオン』と『エヴァンゲリオン』のコラボレーションをもとに開発された新フォーム。「ヤシマ作戦」の戦闘データをもとに開発されたという設定の「シンカリオン 500 TYPE EVA」をベースに、『エヴァンゲリオン』の劇中に登場する武器「ポジトロンライフル」が付属する構成となった。「『ヤシマ作戦』DD51形&シキ880形(B2梁)大物車」に付属する変圧器を背面に搭載することもできるという。(佐々木康弘)