中団勢では12番手からスタートしたPONOS FERRARI 296のケイ・コッツォリーノが、8周目までにGAINER TANAX Z、マッハ車検 エアバスター MC86 マッハ号をかわして10番手にポジションを上げる。その前方ではGreen Brave GR Supra GTの野中誠太がK-tunes RC F GT3をパスして8番手に上がるなど、12クラス混走のなかで順位変動が起こる。
GT300の20周目にはホームストレートで少しの雨粒が確認されるなか、GT300は真っ先にシェイドレーシング GR86 GTがルーティンピットに。さらに翌周にはStudie BMW M4、PONOS FERRARI 296、Syntium LMcorsa GR Supra GTがピット作業を行い、その後も各車が続々とルーティンピットインに入る。
トップを快走するD’station Vantage GT3は29周目にピットイン。藤井誠暢からチャーリー・ファグにドライバーを交代して第2スティントに臨んでいく。代わって首位を走行したmuta Racing GR86 GTは32周目にピットイン、さらにGreen Brave GR Supra GT、apr LC500h GTといったブリヂストン勢が続々とピットに入り、得意とする無交換作戦でコースに戻っていく。
直後の46周目には3番手を走行していたSUBARU BRZ R&D SPORTが、トラブルにより200Rアウト側にストップ。マシン回収のために二度目のFCYが導入され、48周目にリスタートを迎える。そのタイミングでGreen Brave GR Supra GT、Studie BMW M4の2台が2回目のピットに入り、ともにドライバー交代と給油、タイヤ4本交換のフルサービスでレースに復帰していく。
51周目には2番手のapr LC500h GTがピットインし、フルサービスで小高から中村仁に最終スティントを託す。さらに5番手を走行していたPONOS FERRARI 296は52周目にピットに入り、鈴鹿初見参のリル・ワドゥがコースに出る。